Thành phố Thủ Ðức đang gặp nhiều vấn đề khó khăn trong thực tế vận hành, hoạt động sau hai năm được thành lập. Trong đó, nổi lên ba nhóm vấn đề lớn là: thể chế, cơ chế đặc thù; cơ sở hạ tầng đô thị; nhân lực.